More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3707 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  86.32 
 
 		 312 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 298 aa  328  5.0000000000000004e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3825  hypothetical protein  55.45 
 
 		 311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 322 aa  323  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  57.3 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  57.3 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  57.3 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 301 aa  312  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 305 aa  311  7.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0738  LysR family transcriptional regulator  54.83 
 
 		 296 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2027  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.446931  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  51.9 
 
 		 301 aa  305  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 300 aa  299  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 305 aa  295  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 294 aa  278  8e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 314 aa  276  4e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 295 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 295 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 297 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  252  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  45.05 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  248  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 298 aa  248  9e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  41.52 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.26 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 291 aa  245  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 297 aa  245  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  42.36 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  46.39 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  44.33 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 297 aa  241  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.54 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 300 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  44.3 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  43.73 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  46.26 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 297 aa  235  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  44.26 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 298 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 299 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  232  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 296 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 305 aa  229  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 311 aa  228  9e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  41.84 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>