More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1553 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  100 
 
 		 304 aa  598  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  598  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  57.1 
 
 		 304 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  50.67 
 
 		 300 aa  285  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5667  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 300 aa  278  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.561137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  48.81 
 
 		 303 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  48.81 
 
 		 303 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 294 aa  238  6.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 295 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  43.1 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 312 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  41.22 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.73 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  41.22 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3210  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 312 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3350  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  35.69 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 314 aa  205  6e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 297 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  40.2 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  39.8 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3171  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3219  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.888048  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 291 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>