More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0401 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  69.71 
 
 		 310 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  70.36 
 
 		 314 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  70.36 
 
 		 314 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  70.36 
 
 		 314 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  70.36 
 
 		 314 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 317 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 317 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 317 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  66.88 
 
 		 309 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  65.8 
 
 		 312 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  63.84 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.06 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 294 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.69 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.28 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.55 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.01 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.24 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.45 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 399 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 355 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>