More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0839 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  98.02 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  97.69 
 
 		 303 aa  613  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  98.02 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  96.37 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  96.37 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  96.37 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  96.37 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  96.04 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  86.42 
 
 		 303 aa  554  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 303 aa  554  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  87.42 
 
 		 303 aa  554  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  86.42 
 
 		 303 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  82.45 
 
 		 303 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  82.45 
 
 		 303 aa  536  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  84.16 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.21 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 328 aa  187  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.86 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  38.81 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 330 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  34.92 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  33.45 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 311 aa  179  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 321 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.56 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  33.79 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  32.89 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.68 
 
 		 309 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 315 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 315 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>