More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2397 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  91 
 
 		 301 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  70.27 
 
 		 303 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 		 307 aa  364  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 342 aa  359  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 326 aa  358  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  57.7 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  349  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  58.39 
 
 		 318 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 305 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 300 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 307 aa  332  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 307 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 330 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 307 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 307 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 307 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 321 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 318 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.83 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 318 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  47.08 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  46.74 
 
 		 310 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 301 aa  246  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 347 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 315 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 315 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 307 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 320 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  40.2 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 309 aa  202  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 311 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 313 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>