More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2663 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
301 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  91 
 
 
304 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 
303 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
307 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 
307 aa  371  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  58.72 
 
 
313 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  58.72 
 
 
313 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 
313 aa  355  5.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 
342 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 
326 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 
313 aa  349  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  58.45 
 
 
318 aa  346  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 
305 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 
335 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
305 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 
300 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 
307 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 
335 aa  323  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 
330 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 
307 aa  321  8e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 
307 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 
307 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 
307 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 
321 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  51.89 
 
 
304 aa  308  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
318 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.83 
 
 
319 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 
318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.37 
 
 
310 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 
310 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  46.37 
 
 
310 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  46.37 
 
 
310 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  46.37 
 
 
310 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  46.37 
 
 
310 aa  281  9e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  46.37 
 
 
310 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
306 aa  248  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
301 aa  243  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
321 aa  234  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 
300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 
308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
347 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
314 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
305 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
306 aa  225  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
308 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
320 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
306 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 
315 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 
315 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
313 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
302 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  39.59 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
318 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
297 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
303 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
311 aa  208  8e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
304 aa  205  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 
304 aa  204  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
307 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
311 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
307 aa  203  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
309 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
311 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.67 
 
 
306 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 
309 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
338 aa  198  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1630  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
313 aa  195  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
314 aa  192  4e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
308 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
301 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
304 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.968203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>