More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00906 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  100 
 
 		 292 aa  590  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  82.01 
 
 		 291 aa  487  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  78.12 
 
 		 289 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  75.52 
 
 		 291 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  71.97 
 
 		 294 aa  441  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  70 
 
 		 291 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 290 aa  359  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  66.07 
 
 		 228 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 322 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  41.32 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.16 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 321 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.44 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.83 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  34.92 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.85 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  38.18 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 343 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 313 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  185  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 294 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 328 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.02 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  178  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 291 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>