More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3870 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  583  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  78.12 
 
 		 292 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  77.35 
 
 		 291 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 291 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 294 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 291 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  66.9 
 
 		 293 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  63.23 
 
 		 228 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  40.35 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.64 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.01 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 328 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.84 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  37.63 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  34.71 
 
 		 303 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  35.03 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.25 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.68 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  37.11 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  37.17 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 326 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.93 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.9 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.81 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>