More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5829 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 301 aa  590  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  84.23 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  83.89 
 
 		 301 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  84.23 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 304 aa  344  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 305 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 308 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 301 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 301 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 301 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 303 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  49.67 
 
 		 309 aa  279  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 303 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 316 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 306 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 293 aa  205  8e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.88 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 362 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.86 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 367 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 367 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 330 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 340 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 324 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 324 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.8 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 353 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  38.26 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>