More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5263 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  98.23 
 
 		 293 aa  450  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  66.07 
 
 		 292 aa  292  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  64.57 
 
 		 291 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  63.23 
 
 		 289 aa  287  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  57.96 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 291 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  57.85 
 
 		 291 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  37.12 
 
 		 307 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.98 
 
 		 307 aa  135  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 304 aa  135  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 322 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 306 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  38.5 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 306 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 312 aa  128  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.2 
 
 		 309 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 309 aa  128  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 309 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 293 aa  125  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 300 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 297 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  36.41 
 
 		 296 aa  124  8.000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.84 
 
 		 299 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 307 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 296 aa  123  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 325 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 324 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 301 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 328 aa  121  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.56 
 
 		 293 aa  121  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 313 aa  121  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 331 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  35.75 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.43 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1591  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.245083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 301 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 316 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  34.7 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 555 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 316 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  118  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  118  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 316 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.94 
 
 		 305 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  34.38 
 
 		 305 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 311 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 301 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 313 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 303 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 305 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>