More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3439 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  624  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  624  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 
303 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  98.02 
 
 
303 aa  615  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  97.03 
 
 
303 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  96.7 
 
 
303 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  96.7 
 
 
303 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  96.7 
 
 
303 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  96.37 
 
 
303 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  87.75 
 
 
303 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  88.08 
 
 
303 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  86.75 
 
 
303 aa  555  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  87.09 
 
 
303 aa  553  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  82.12 
 
 
303 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  81.79 
 
 
303 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 
303 aa  532  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
294 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
313 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
302 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
294 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
303 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
317 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.55 
 
 
293 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 
315 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
291 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
291 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
296 aa  187  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
305 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
317 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
305 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  38.41 
 
 
306 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
305 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 
300 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 
300 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
307 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 
306 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
296 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  33.67 
 
 
337 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
311 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  33.67 
 
 
337 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  34.92 
 
 
292 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
299 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
297 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
296 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
293 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
302 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
309 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  34.23 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
315 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
305 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
313 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
314 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 
291 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
297 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
330 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
323 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
330 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
300 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31 
 
 
309 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2361  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
322 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
300 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
305 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
296 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  33.22 
 
 
297 aa  176  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
302 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
298 aa  176  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
321 aa  175  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 
289 aa  175  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.02 
 
 
309 aa  175  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.56 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.66 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
305 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
304 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>