More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0542 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  100 
 
 		 305 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  88.82 
 
 		 305 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  88.49 
 
 		 305 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 301 aa  231  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 290 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.27 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.54 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.67 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  38.8 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 320 aa  188  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.59 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 555 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 292 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  38.64 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  38.89 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  38.67 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>