More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3610 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  624  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 343 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 306 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  39.31 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.27 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  38.97 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.45 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 291 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  36.82 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  35.37 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.71 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4348  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.311004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 292 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 293 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 342 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 293 aa  185  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.55 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.36 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  34.36 
 
 		 291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  34.68 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.49 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  33 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.97 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  37.41 
 
 		 288 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.58 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>