More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0423 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  99.67 
 
 		 305 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  88.49 
 
 		 305 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  45.85 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.93 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  37.25 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.67 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 289 aa  178  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.92 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.67 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.7 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1536  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 312 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 317 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  38.67 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 293 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>