More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0990 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  610  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 
295 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 
300 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0291  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  61.51 
 
 
293 aa  391  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
304 aa  225  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.25 
 
 
309 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
296 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
307 aa  207  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.49 
 
 
302 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
294 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
296 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.04 
 
 
307 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
303 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 
335 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
298 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
304 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
298 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
299 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
305 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 
306 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
306 aa  195  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
308 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 
308 aa  195  9e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
302 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
297 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 
309 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
301 aa  191  9e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
300 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
312 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
296 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
299 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
299 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
297 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
302 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
295 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
298 aa  188  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
302 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
302 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
302 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
289 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
293 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
303 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 
300 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
295 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
320 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
305 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
320 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
320 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
320 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
310 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 
312 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
313 aa  185  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
300 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
308 aa  185  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
308 aa  185  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.74 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  32.19 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
312 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
301 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
324 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
300 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 
345 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
313 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 
320 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
310 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.35 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.49 
 
 
302 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
310 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 
302 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
342 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>