More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3215 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  100 
 
 		 296 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  49.66 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 303 aa  246  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  38.8 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.79 
 
 		 290 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.69 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 289 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.18 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 323 aa  162  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 330 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  32.76 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.45 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  30.45 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.58 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  32.49 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  30.27 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.76 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>