More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_23540 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  95.75 
 
 
306 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 
306 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
317 aa  225  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
310 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
313 aa  224  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
317 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
317 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
309 aa  219  6e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
301 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
314 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
314 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
314 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 
314 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
301 aa  216  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
303 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  38.49 
 
 
289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  40.2 
 
 
312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
289 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.85 
 
 
289 aa  212  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.83 
 
 
302 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
301 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.31 
 
 
297 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
302 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
289 aa  209  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.02 
 
 
302 aa  209  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
304 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.83 
 
 
293 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
302 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 
301 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 
299 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.94 
 
 
289 aa  206  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
314 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
303 aa  205  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
306 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.28 
 
 
305 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  40.26 
 
 
312 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
298 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 
312 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
298 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
296 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
295 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
298 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
298 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.3 
 
 
289 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 
312 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
294 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
313 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
310 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
293 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
292 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.19 
 
 
307 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
291 aa  202  8e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
293 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
292 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
298 aa  201  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.88 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.16 
 
 
290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
305 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 
292 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.55 
 
 
288 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.72 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
303 aa  199  6e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
299 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
292 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
293 aa  199  7e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
303 aa  199  7e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
309 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
305 aa  197  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>