More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0698 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
329 aa  679    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  90.85 
 
 
329 aa  620  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 
344 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  89.02 
 
 
329 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  89.02 
 
 
329 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  88.18 
 
 
331 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  86.81 
 
 
329 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  86.93 
 
 
330 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  87.16 
 
 
330 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0631  carbonate dehydratase  54.3 
 
 
315 aa  340  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.29675  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4313  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 
314 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000168555  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3694  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 
316 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189457  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0468  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
314 aa  338  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.530923  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  50.16 
 
 
328 aa  322  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  32.88 
 
 
293 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
306 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
301 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.47 
 
 
300 aa  155  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 
299 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
311 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
300 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
305 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  30.14 
 
 
296 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
314 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 
297 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
320 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
320 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.82 
 
 
291 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
301 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
317 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  31.97 
 
 
300 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 
304 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
299 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
317 aa  146  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
317 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
298 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
338 aa  146  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  31.97 
 
 
300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  31.53 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
297 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
313 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 
301 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.48 
 
 
291 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
301 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
301 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
313 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  31.63 
 
 
300 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
310 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
304 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
303 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
309 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  31.63 
 
 
300 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
297 aa  143  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
313 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
298 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 
306 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
304 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
301 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
301 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
302 aa  142  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
328 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  30.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
295 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3911  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.954756  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
294 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
299 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 
300 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
304 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
302 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
310 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
298 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  30.3 
 
 
306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
327 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.1 
 
 
315 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
314 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
314 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
314 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>