More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3267 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  621  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 		 295 aa  265  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1427  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.401256 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.21 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.15 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.66 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 328 aa  172  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  31.71 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 304 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 298 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.81 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.11 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>