More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000653 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 293 aa  603  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  49.66 
 
 		 296 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 329 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.28 
 
 		 289 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 329 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0642  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3400  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000882722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0552  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 330 aa  168  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12269 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.34 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 344 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  31.49 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3570  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 331 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0645884  normal  0.187476 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  32.2 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1434  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 328 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 289 aa  161  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 294 aa  161  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  31.76 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  34.98 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.84 
 
 		 289 aa  159  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.79 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.93 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.32 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.15 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>