More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3182 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  82.18 
 
 		 303 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  65.55 
 
 		 310 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  66.1 
 
 		 306 aa  377  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6486  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  36.33 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.24 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 331 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 359 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 359 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.17 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.25 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 328 aa  175  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  35.71 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 347 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.36 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 317 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  33.45 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  32.53 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  37.04 
 
 		 329 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  33.45 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.11 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>