More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3610 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  54.01 
 
 		 289 aa  306  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  40.13 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 294 aa  234  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  231  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.8 
 
 		 299 aa  228  6e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  41.67 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.14 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 334 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 323 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 323 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 342 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.08 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.98 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.92 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 338 aa  193  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  36.18 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.93 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>