More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2275 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 289 aa  592  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  54.01 
 
 		 299 aa  306  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  38.06 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  37.63 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.89 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.91 
 
 		 299 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 303 aa  198  7e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 291 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.17 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  191  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.71 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 327 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  31.97 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 555 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 335 aa  178  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  178  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.55 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.64 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.47 
 
 		 295 aa  175  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 289 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>