More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4623 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  644    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  79.21 
 
 		 304 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  79.28 
 
 		 304 aa  489  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 383 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 306 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  59.21 
 
 		 303 aa  381  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 298 aa  355  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  53.51 
 
 		 327 aa  350  3e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2610  LysR family transcriptional regulator  54.09 
 
 		 292 aa  332  4e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  44.88 
 
 		 310 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 309 aa  285  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  44.55 
 
 		 310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 337 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 318 aa  208  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.82 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.66 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.84 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 312 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 289 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 324 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.81 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.11 
 
 		 311 aa  195  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 347 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.3 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 334 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  192  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 303 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>