More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06921 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  100 
 
 
289 aa  595  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  90.97 
 
 
289 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  65.28 
 
 
290 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 
292 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  60.76 
 
 
289 aa  384  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 
289 aa  385  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  60.21 
 
 
289 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  60.21 
 
 
289 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
302 aa  378  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
295 aa  371  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 
289 aa  368  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  57.19 
 
 
298 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
288 aa  366  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
288 aa  366  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  57.4 
 
 
298 aa  361  9e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  56.6 
 
 
290 aa  361  1e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  58.1 
 
 
289 aa  359  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 
292 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 
293 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 
292 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 
292 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 
291 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  56.6 
 
 
292 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 
293 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
293 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
292 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  52.78 
 
 
288 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  53.82 
 
 
292 aa  335  7e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  52.45 
 
 
290 aa  332  5e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
298 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 
298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  53.68 
 
 
298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 
304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.63 
 
 
298 aa  324  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 
298 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
298 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
298 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 
302 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.39 
 
 
302 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
300 aa  299  4e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
290 aa  269  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
295 aa  258  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
335 aa  242  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
297 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
303 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
293 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 
295 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.04 
 
 
293 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
304 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 
306 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.81 
 
 
299 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
302 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
291 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.21 
 
 
302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
305 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
294 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
316 aa  216  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.21 
 
 
302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
298 aa  211  9e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
296 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
303 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 
295 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.45 
 
 
304 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.85 
 
 
305 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
296 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
319 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
323 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
299 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
322 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
305 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
304 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
298 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
299 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>