More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0747 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  65.4 
 
 		 289 aa  407  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  65.28 
 
 		 289 aa  404  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  60.42 
 
 		 289 aa  384  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  60.9 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 289 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 292 aa  381  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 293 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  58.28 
 
 		 292 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 292 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 292 aa  378  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 292 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 289 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 292 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  59.17 
 
 		 293 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 302 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 291 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  58.97 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 295 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 288 aa  365  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  58.68 
 
 		 288 aa  363  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 289 aa  361  6e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  57.4 
 
 		 298 aa  361  9e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 288 aa  360  1e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 289 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  54.33 
 
 		 298 aa  352  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  54.01 
 
 		 290 aa  335  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  52.45 
 
 		 298 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 298 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 304 aa  325  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 298 aa  324  9e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.4 
 
 		 298 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  49.83 
 
 		 302 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 302 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  49.65 
 
 		 292 aa  301  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 290 aa  262  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 326 aa  249  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 335 aa  230  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.49 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  225  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 295 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.08 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.97 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.28 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.63 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.15 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  201  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  201  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>