More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03330 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  53.82 
 
 		 289 aa  335  7.999999999999999e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  52.78 
 
 		 289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 288 aa  315  5e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 288 aa  315  6e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  49.65 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 295 aa  299  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  47.22 
 
 		 290 aa  292  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 289 aa  291  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 292 aa  291  8e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 292 aa  290  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 292 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 292 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 293 aa  290  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 292 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 293 aa  289  4e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 292 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  46.88 
 
 		 288 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 291 aa  288  6e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 289 aa  288  7e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 289 aa  287  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 302 aa  286  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  46.13 
 
 		 290 aa  285  8e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  46.1 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  46.88 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  45.39 
 
 		 289 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 289 aa  276  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  43.36 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 298 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.84 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 295 aa  245  8e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 326 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 335 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 290 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.74 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  202  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 310 aa  195  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.9 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>