More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1068 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  643    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 292 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 289 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  211  9e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.43 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.8 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 291 aa  208  9e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.68 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 399 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.64 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 288 aa  192  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.79 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.68 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.62 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.37 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.68 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>