More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3488 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  95.7 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  70.9 
 
 		 302 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  70.71 
 
 		 302 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  70.71 
 
 		 302 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  70.71 
 
 		 302 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  63.97 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  64.31 
 
 		 300 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  61.64 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.84 
 
 		 317 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  60.61 
 
 		 306 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 309 aa  348  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  55.3 
 
 		 302 aa  345  6e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 301 aa  343  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 302 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 307 aa  325  5e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 307 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 307 aa  324  9e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 314 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 314 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  50.32 
 
 		 314 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 307 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 314 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 320 aa  322  7e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 		 320 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  52.32 
 
 		 309 aa  318  7.999999999999999e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 299 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  48.08 
 
 		 335 aa  283  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 299 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 295 aa  262  6e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 297 aa  248  6e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  38.13 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.92 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.72 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.62 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  36 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  32.57 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.25 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>