More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1091 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  637    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 307 aa  626  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 307 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  87.13 
 
 		 307 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  82.85 
 
 		 320 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  82.2 
 
 		 314 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  81.88 
 
 		 314 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  82.2 
 
 		 314 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  81.55 
 
 		 314 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 302 aa  342  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  55.12 
 
 		 300 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  52.15 
 
 		 302 aa  332  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  52.15 
 
 		 302 aa  332  3e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.94 
 
 		 317 aa  332  4e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  51.82 
 
 		 305 aa  325  6e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  51.82 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  53.14 
 
 		 294 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 309 aa  318  7e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  51.49 
 
 		 306 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 306 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  49.51 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 299 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 301 aa  299  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  47.21 
 
 		 320 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 302 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 302 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  43.52 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 309 aa  255  6e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.2 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  34.9 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 348 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.8 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.54 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.22 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>