More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0611 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
300 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  98 
 
 
300 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  97.33 
 
 
300 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  85.95 
 
 
302 aa  540  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  85.47 
 
 
300 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  85.47 
 
 
300 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  85.14 
 
 
300 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  85.14 
 
 
300 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  70.9 
 
 
299 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 
301 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  65.2 
 
 
298 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
298 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 
307 aa  350  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 
309 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
301 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  94.5 
 
 
138 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  38.91 
 
 
295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
299 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
305 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
296 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 
302 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
302 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
299 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
302 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.88 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.88 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
305 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
302 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 
317 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
308 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
302 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
302 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.56 
 
 
335 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.23 
 
 
305 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.66 
 
 
307 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
297 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  37 
 
 
355 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
306 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 
306 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
302 aa  185  8e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
307 aa  185  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
314 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 
314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
314 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
299 aa  182  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
307 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
297 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
314 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
312 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 
294 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.01 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
330 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
313 aa  179  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
335 aa  179  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.9 
 
 
297 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
310 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
328 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
291 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
300 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
304 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
303 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
313 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
307 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 
353 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
294 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
298 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
300 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
296 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.65 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
295 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
331 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
307 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
303 aa  171  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
302 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
320 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>