More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3342 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  98 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  97.33 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  84.95 
 
 		 302 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  84.46 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  84.46 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  84.12 
 
 		 300 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  84.12 
 
 		 300 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  70.23 
 
 		 299 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  65 
 
 		 301 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  64.53 
 
 		 298 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 298 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 307 aa  347  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 309 aa  225  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  95.41 
 
 		 138 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.57 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.39 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 320 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.35 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.46 
 
 		 312 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 331 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  30.85 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 355 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>