More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1391 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  91.39 
 
 		 302 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  88.04 
 
 		 302 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  76.17 
 
 		 301 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  67 
 
 		 320 aa  404  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.22 
 
 		 302 aa  345  5e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 302 aa  345  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.22 
 
 		 302 aa  345  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 302 aa  345  7e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  58.39 
 
 		 306 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  51.18 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 305 aa  323  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 300 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  53.2 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  53 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.74 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 302 aa  301  7.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  53.26 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.14 
 
 		 335 aa  282  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 307 aa  276  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 314 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 314 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 299 aa  245  6.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 304 aa  238  9e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 335 aa  221  9e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.89 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.21 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.27 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 322 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.67 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.54 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 351 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 306 aa  203  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 362 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 303 aa  201  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.78 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 327 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 367 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 367 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 295 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 312 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>