More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5409 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 347 aa  712    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 338 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  63.69 
 
 		 344 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  61.09 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  62.86 
 
 		 345 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 353 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 359 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 331 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 359 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  59.76 
 
 		 345 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  59.39 
 
 		 345 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  61.98 
 
 		 343 aa  397  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 335 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.25 
 
 		 289 aa  192  9e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  39.46 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 316 aa  189  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2143  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101514 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 303 aa  183  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.25 
 
 		 306 aa  179  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 308 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.11 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.82 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.15 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  176  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 294 aa  176  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 318 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 304 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 300 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>