More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5557 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  708    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  96.81 
 
 		 345 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  76.23 
 
 		 345 aa  557  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  73.33 
 
 		 345 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  59.51 
 
 		 338 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  58.54 
 
 		 344 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  59.45 
 
 		 347 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  59.55 
 
 		 353 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 331 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  53.46 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.14 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.88 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  36.27 
 
 		 295 aa  190  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 324 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 298 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  190  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 435 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.53 
 
 		 289 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  186  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  36.46 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  36.11 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  36.11 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 334 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.71 
 
 		 288 aa  185  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>