More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001040 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  658    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 318 aa  352  4e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 311 aa  310  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0995  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  41.31 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 296 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.02 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.4 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.78 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 300 aa  182  9.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  179  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0492  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 321 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.88 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.34 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 345 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  29.55 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>