More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3875 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  620  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  80.46 
 
 		 307 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  74.27 
 
 		 307 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  63.07 
 
 		 308 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  58.55 
 
 		 310 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  58.69 
 
 		 311 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  57.52 
 
 		 309 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 309 aa  341  8e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 308 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 312 aa  333  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 312 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 312 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 305 aa  315  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 294 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0634  transcription regulator protein  38.54 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2748  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.12 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  32.65 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>