More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1233 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  650    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  64.63 
 
 		 314 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  65.13 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 315 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 323 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 315 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  59.67 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  59.34 
 
 		 315 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  53.55 
 
 		 315 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 313 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 337 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 313 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 312 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 313 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 313 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  48.31 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 313 aa  299  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  48.14 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  47.8 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 313 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.12 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 306 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.37 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.29 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2204  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0659043  normal  0.113765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.79 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>