More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1542 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  656    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  71.61 
 
 		 314 aa  495  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  72.52 
 
 		 306 aa  488  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  61.17 
 
 		 311 aa  415  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  57.74 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  57.42 
 
 		 315 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 323 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 313 aa  296  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 313 aa  295  6e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 313 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 337 aa  292  5e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 313 aa  292  6e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  46.31 
 
 		 313 aa  292  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 313 aa  291  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 313 aa  291  7e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 313 aa  291  7e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  45.28 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  46.13 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.79 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.34 
 
 		 293 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 328 aa  195  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.66 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 335 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.29 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 309 aa  180  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 316 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  33.89 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.65 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>