More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2676 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  673    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 315 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  67.74 
 
 		 315 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 315 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  67.1 
 
 		 315 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  58.96 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  54.19 
 
 		 315 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 315 aa  351  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  50.97 
 
 		 314 aa  344  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  51.32 
 
 		 306 aa  340  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 303 aa  289  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 313 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 337 aa  266  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  42.37 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  42.57 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  40.33 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.79 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  199  7.999999999999999e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.12 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.01 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  30.82 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.99 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 296 aa  179  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  35.22 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>