More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2868 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 313 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  92.97 
 
 		 313 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  90.42 
 
 		 313 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  90.42 
 
 		 313 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  90.42 
 
 		 313 aa  591  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 313 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 313 aa  585  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  90.38 
 
 		 312 aa  586  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 313 aa  586  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  89.78 
 
 		 313 aa  584  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 313 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  89.46 
 
 		 313 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  89.14 
 
 		 313 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 313 aa  580  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 		 337 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  88.82 
 
 		 313 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 		 311 aa  300  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 315 aa  292  6e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  42.95 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  42.95 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 323 aa  265  7e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 315 aa  255  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 305 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.75 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.67 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  38.13 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 309 aa  192  9e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 291 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 313 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>