More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3620 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  83.16 
 
 		 304 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 331 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 316 aa  325  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  52.6 
 
 		 320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 308 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  54.14 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 336 aa  305  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  52.41 
 
 		 309 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 301 aa  268  7e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 312 aa  263  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  41.84 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  41.13 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.79 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 326 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.6 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.23 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  35.66 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 312 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  188  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  35.05 
 
 		 313 aa  189  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.01 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.02 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 293 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3335  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.27 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 293 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>