More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004083 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  655    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  93.79 
 
 		 306 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  71.61 
 
 		 315 aa  495  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  64.63 
 
 		 311 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0999  LysR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 315 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3379  LysR family transcriptional regulator  57.23 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0984  transcriptional regulator, LysR family  57.23 
 
 		 315 aa  364  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0964  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 315 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2503  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 315 aa  352  5e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.464672  normal  0.275989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 323 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 303 aa  325  8.000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  285  7e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 337 aa  285  9e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 313 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  43.43 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  43.09 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  42.95 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 309 aa  203  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.03 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 335 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.22 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  34.56 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.89 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.64 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.21 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 324 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 318 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>