More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4581 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0678  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 324 aa  285  8e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  47.25 
 
 		 309 aa  275  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  45.31 
 
 		 309 aa  261  8e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2314  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.48 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  41.29 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.73 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 328 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.62 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.17 
 
 		 305 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.61 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 317 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.98 
 
 		 318 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.87 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 312 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.51 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 313 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 288 aa  202  7e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  33.87 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.73 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.86 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  43.04 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  199  7e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.61 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>