More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0225 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
309 aa  629  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0678  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 
324 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569354  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 
310 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 
315 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2314  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 
301 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.8 
 
 
309 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
304 aa  225  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
309 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 
306 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.39 
 
 
302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.91 
 
 
307 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
302 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
301 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 
335 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
328 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
295 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
299 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
298 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
296 aa  195  9e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.74 
 
 
297 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
317 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
295 aa  195  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
303 aa  194  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 
298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
309 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
298 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
310 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
295 aa  193  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
298 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
299 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 
304 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.93 
 
 
302 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
308 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
313 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
308 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
318 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
297 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
303 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
324 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
313 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
302 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
289 aa  189  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.34 
 
 
292 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
313 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.52 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
302 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 
298 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.88 
 
 
299 aa  188  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.14 
 
 
302 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
308 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
312 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.37 
 
 
290 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 
293 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
289 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
310 aa  186  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
316 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  185  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.58 
 
 
298 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
301 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.44 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.46 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
301 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
324 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
302 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
301 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
296 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.78 
 
 
290 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.17 
 
 
289 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
290 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
299 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
340 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
296 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 
300 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
324 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
294 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.81 
 
 
289 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
303 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
302 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 
312 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
288 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>