More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1347 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  594  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 315 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 310 aa  295  9e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  47.57 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2314  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0678  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.13 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 322 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  41.44 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.85 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.35 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.12 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.1 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.94 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 301 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.55 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  39.74 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 		 292 aa  195  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  39.02 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  37.8 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  41.56 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.41 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.21 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 354 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 354 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.07 
 
 		 293 aa  192  6e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 328 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>