More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3240 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  621  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 297 aa  323  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.5 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.91 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  33.91 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  33.91 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 555 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  33.91 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  33.91 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  33.91 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  37.63 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  32.19 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 337 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  36.73 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  36.95 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>