More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4584 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  98.41 
 
 		 315 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  98.41 
 
 		 315 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  653    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  95.56 
 
 		 315 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  85.21 
 
 		 322 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  85.95 
 
 		 332 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1216  transcriptional regulator, LysR family  85.29 
 
 		 315 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  74.84 
 
 		 317 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  73.86 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  67.1 
 
 		 312 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 312 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  65.47 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  65.69 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 334 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  65.69 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  64.95 
 
 		 313 aa  424  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  64.5 
 
 		 313 aa  421  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  64.4 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  67.65 
 
 		 314 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  67.32 
 
 		 314 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  62.99 
 
 		 323 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  55.88 
 
 		 331 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 336 aa  362  3e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 354 aa  362  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 331 aa  362  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 354 aa  362  6e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 315 aa  358  7e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 336 aa  358  9e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 315 aa  355  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 315 aa  353  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 313 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 316 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 316 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 315 aa  352  4e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 316 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 317 aa  341  9e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 312 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 323 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 430 aa  330  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 322 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 322 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 322 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  52.27 
 
 		 431 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 322 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 322 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  52.27 
 
 		 355 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 308 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 329 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 318 aa  317  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 329 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  52.19 
 
 		 311 aa  305  9.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 327 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 310 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 310 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2804  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2931  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 352 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 328 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 328 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 328 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.21 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 353 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5702  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0313513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 355 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  37.46 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 367 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 367 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>