More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1113 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  637    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  61.41 
 
 		 311 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  59.81 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 312 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 310 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 310 aa  341  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 310 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 310 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 312 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 313 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  54.22 
 
 		 313 aa  329  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  53.59 
 
 		 312 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  328  6e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 312 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 323 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 315 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 331 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 322 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 315 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 334 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  51.96 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 323 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  50.32 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  52.15 
 
 		 431 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  51.16 
 
 		 314 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 430 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 332 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 322 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 323 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  51.16 
 
 		 314 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  49.69 
 
 		 322 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 316 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 316 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 316 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 315 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  49.69 
 
 		 322 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 315 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 329 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 329 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 313 aa  285  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 313 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 315 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1216  transcriptional regulator, LysR family  49.02 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.69 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 327 aa  275  7e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 317 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2931  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2804  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5702  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0313513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 		 367 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  41.3 
 
 		 312 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.3 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 362 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>