More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2289 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 353 aa  709    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  89.89 
 
 		 355 aa  614  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  70.3 
 
 		 362 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  71.84 
 
 		 367 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 367 aa  498  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  78.31 
 
 		 351 aa  480  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 349 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 349 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 349 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  77.67 
 
 		 349 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 349 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 349 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 349 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 295 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 295 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 295 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 295 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 295 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  47.73 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 310 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 303 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  47.2 
 
 		 312 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  46.89 
 
 		 312 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.24 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 299 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 300 aa  241  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.55 
 
 		 302 aa  239  6.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 312 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.22 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1227  LysR family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 312 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.64 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.96 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 301 aa  225  9e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 312 aa  223  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4615  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0591659 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5689  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3753  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  222  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.37 
 
 		 301 aa  222  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 		 355 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 306 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.98 
 
 		 293 aa  217  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 316 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 312 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 315 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 315 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 304 aa  212  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2140  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 320 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 315 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2428  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 329 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.886071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 320 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 326 aa  209  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  40.68 
 
 		 320 aa  209  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>